生物制药废水一般成分复杂，污染物浓度高，含有大 量有毒、有害物质、生物抑制物(包括一定浓度的抗生素)、 难降解物质等，带有颜色和气味，悬浮物含量高，易产生 泡沫等。生物发酵制药产生的工业废水若不经处理直接排入河流，将会严重破坏水体生态环境。
    生物发酵制药产生的工业废水中有难降解的有机物、毒性化合物，处理时存在相当大的难度。因此，常采用物理—化学法进行预处理。由于废水中SS浓度较高，故在处理中，在其生化处理前加入了混凝沉淀处理。废水在进入沉淀池进行固液分离之前，废水首先要经过细格栅去除悬浮物后进入调节池均衡水质水量，然后用泵输入混凝反应池，再加入适量的混凝剂搅拌直到形成絮体为止。然后再进行其他相应的处理。
    混凝处理是向水中加入混凝剂，通过混凝剂的水解或缩聚反应而形成的高聚物的强烈吸附与架桥作用使胶粒被吸附黏结，或者通过混凝剂的水解产物来压缩胶体颗粒的扩散层，达到胶粒脱稳而相互聚结的目的。各种废水都是水和水中均匀分布的细小颗粒所组成的分散体系，按颗粒的大小，分散体系可分为三类：颗粒粒径小于1nm的真溶液，颗粒粒径为1~100nm的胶体溶液，以及颗粒粒径大于100nm的悬浮液。真溶液中的颗粒由于粒度很小，不会引起光线散射，水呈透明状，胶体溶液与悬浮液中的颗粒能使光散射，水呈浑浊状。在通常情况下，胶体溶液和部分悬浮液（颗粒粒径小于100m）用混凝方法处理。
    对于像小诺霉素等抗生素废水，从发酵工艺过程知道，鸟氨酸脱羧酶LMN和米黑根毛霉脂肪酶RML的绝大部分是培养基成分，即葡萄糖、淀粉、蛋白胨、鱼粉、玉米粉等。这些成分主要以胶体形态存在，加入硫酸亚铁等凝聚剂后，可以使体系形成三价铁，从而改善絮体的沉降性能，激活废水中降解微生物某些酶的活性。投加的硫酸亚铁还可与废水中的有机硫化物，特别是硫醇类化合物形成铁盐沉淀而去除。

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